元十六年,置八番宣慰司,十九年置順元等處宣慰司,二十年立亦溪不薛宣慰司。《大定府志》謂:“亦溪不薛,水西也。”歷史上的水西,系指烏江上游鴨池河以西地。貞元元年以后,亦溪不薛宣慰司還隸于云南行省。元代,清鎮地區處于順元宣慰司和亦溪不薛宣慰司轄境的結合部。
明初,為貴州宣慰司轄地。洪武二十一年(1388年),置威清站(今清鎮縣城新華路)。二十三年(1390年),分貴州宣慰司置威清衛,隸于貴州都司。崇禎三年(1630年),以水外六目地即阿戈、龍爾、龍夜、底區、化那、引葉遮勒六目所在的六慕則溪地置鎮西衛(今衛城鎮)、赫聲所(今茶店)、威武所(今甘溝)。這片地方為彝族世居地,故彝語稱為“引葉遮勒”,因是鎮壓彝族之后所置,故名鎮西。
清康熙二十六年,裁去威清衛、鎮西衛和赫聲所、威武所,以其轄境合并置縣。取威清之“清”、鎮西衛之“鎮”,定名為清鎮縣,治所于威清衛城(今清鎮縣城),隸安順府。
民國三年(1914年),清鎮縣屬貴西道。九年,直隸于省。二十四年,隸屬貴州省第一督察去(治所安順)。二十六(1937年)年,直屬于省。
1949年,隸貴陽專區,1952年劃歸貴定專區,1956年劃歸安順專區。1958年劃歸貴陽市,1963年復歸安順專區。1970年屬安順地區。1992年更名為清鎮市,改屬貴陽市,但建制一直未變。
1992年撤縣設市。
1999年末,清鎮市行政區域轄4個鎮、6個鄉(其中3個民族鄉)、299個村委會、43個居委會。市政府駐紅楓湖鎮。
2001年末,清鎮市轄6個鄉(其中3個民族鄉),4個鎮、299個村委會、43個居委會。
2002年9月5日,貴州省政府批準同意調整紅楓湖鎮行政區劃,設立青龍街道。將紅楓湖鎮所轄的中心、青龍、東北等20個村及新華路、建國路、新民路等19個居委會轄區劃由青龍街道管轄,紅楓湖鎮所轄行政區域相應進行調整。
2002年末,清鎮市轄4個鎮、6個鄉(其中3個民族鄉),299個村委會、43個居委會。
2003年末,清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉(其中3個民族鄉),299個村委會、32個社區。
2004年,清鎮市政府駐地改為青龍街道辦事處。2006年3月27日,《省人民政府關于同意清鎮市調整站街鎮紅楓湖鎮部分行政區劃的批復》同意清鎮市調整站街鎮和紅楓鎮部分行政區劃,將原屬站街鎮的駱家橋村劃歸紅楓湖鎮管轄。
2007年11月12日,經貴陽省政府批準,新店鎮政府駐地自新店村遷移到徐家溝村。2007年末,清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉(其中3個民族鄉),30個居委會(社區)、299個行政村。2010年末,清鎮市常住人口46.80萬人。2011年9月,正式將清鎮市的百花湖鄉移交金陽新區管理。
2011年末,清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉(3個民族鄉):青龍街道、紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、百花湖鄉、麥格苗族布依族鄉、暗流鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉、犁倭鄉。共有38個居委會、299個行政村,1820個村民小組。市政府駐青龍街道紅旗路3號。
2011年6月,將青龍街道集中連片的10個城區居委會劃出設立紅新、新嶺2個社區服務中心。2012年4月28日,百花、巢鳳、紅塔3個社區服務中心正式掛牌成立。2012年11月15日,國務院批準同意將清鎮市的百花湖鄉劃歸貴陽市觀山湖區管轄。
2013年12月16日,貴州省人民政府同意撤銷清鎮市犁倭鄉,設置犁倭鎮,鎮人民政府駐犁倭村,所轄行政區域不變;同意撤銷清鎮市暗流鄉,設置暗流鎮,將衛城鎮關口村劃入暗流鎮管轄,鎮人民政府駐關口村。
截至2014年,清鎮市轄6個鎮、3個民族鄉:紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、暗流鎮、犁倭鎮、麥格苗族布依族鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉,以及新嶺社區、紅塔社區、巢鳳社區、百花社區、紅新社區5個社區服務中心。