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清康熙二十六年(1687年)以威清、鎮西二衛置清鎮縣，取二衛首字為名，屬安順府。1992年撤縣設市。
1999年末，清鎮市行政區域轄4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉）、299個村委會、43個居委會。市政府駐紅楓湖鎮。
2001年末，清鎮市轄6個鄉（其中3個民族鄉），4個鎮、299個村委會、43個居委會。
2002年9月5日，貴州省政府批準同意調整紅楓湖鎮行政區劃，設立青龍街道。將紅楓湖鎮所轄的中心、青龍、東北等20個村及新華路、建國路、新民路等19個居委會轄區劃由青龍街道管轄，紅楓湖鎮所轄行政區域相應進行調整。
2002年末，清鎮市轄4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），299個村委會、43個居委會。
2003年末，清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），299個村委會、32個社區。
2004年，清鎮市政府駐地改為青龍街道辦事處。2006年3月27日，《省人民政府關于同意清鎮市調整站街鎮紅楓湖鎮部分行政區劃的批復》同意清鎮市調整站街鎮和紅楓鎮部分行政區劃，將原屬站街鎮的駱家橋村劃歸紅楓湖鎮管轄。
2007年11月12日，經貴陽省政府批準，新店鎮政府駐地自新店村遷移到徐家溝村。2007年末，清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），30個居委會（社區）、299個行政村。2010年末，清鎮市常住人口46.80萬人。2011年9月，正式將清鎮市的百花湖鄉移交金陽新區管理。
2011年末，清鎮市轄1個街道、4個鎮、6個鄉（3個民族鄉）：青龍街道、紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、百花湖鄉、麥格苗族布依族鄉、暗流鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉、犁倭鄉。共有38個居委會、299個行政村，1820個村民小組。市政府駐青龍街道紅旗路3號。
2011年6月，將青龍街道集中連片的10個城區居委會劃出設立紅新、新嶺2個社區服務中心。2012年4月28日，百花、巢鳳、紅塔3個社區服務中心正式掛牌成立。2012年11月15日，國務院批準同意將清鎮市的百花湖鄉劃歸貴陽市觀山湖區管轄。
2013年12月16日，貴州省人民政府同意撤銷清鎮市犁倭鄉，設置犁倭鎮，鎮人民政府駐犁倭村，所轄行政區域不變；同意撤銷清鎮市暗流鄉，設置暗流鎮，將衛城鎮關口村劃入暗流鎮管轄，鎮人民政府駐關口村。
截至2014年，清鎮市轄6個鎮、3個民族鄉：紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、暗流鎮、犁倭鎮、麥格苗族布依族鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉，以及新嶺社區、紅塔社區、巢鳳社區、百花社區、紅新社區5個社區服務中心。
